未登記工廠有下列情形之一者，直轄市、縣（市）主管機關應依本法第二十八條之一規定處理： 一、申請納管依第三條第二項、第五條第五項、第六條第一項或第八條第二項規定駁回，且逾中華民國一百十一年三月十九日未再提出申請。 二、工廠改善計畫之核定依第十三條或第十五條第四項規定撤銷、廢止或失效。 三、經補辦臨時登記之工廠申請特定工廠登記依第十八條第三項、第十九條第三項、第四項或第六項，或第二十條規定駁回。 四、特定工廠登記依第十七條第五項或第二十三條規定撤銷或廢止。
特定工廠登記辦法第 26 條規定，未登記工廠有以下情形之一時，直轄市、縣（市）主管機關應按照本法第二十八條之一的規定進行處理： 一、申請納管依照第三條第二項、第五條第五項、第六條第一項或第八條第二項的規定被駁回，且超過中華民國一百十一年三月十九日未再提出申請。 例子：某未登記工廠於中華民國一百十年申請納管被駁回，超過中華民國一百十一年三月十九日未再提出申請，根據特定工廠登記辦法第 26 條，該工廠應被直轄市、縣（市）主管機關處理。 二、工廠改善計畫核定根據第十三條或第十五條第四項的規定被撤銷、廢止或失效。 例子：某未登記工廠的改善計畫核定根據特定工廠登記辦法第十五條第四項的規定被撤銷，根據特定工廠登記辦法第 26 條，直轄市、縣（市）主管機關應予處理。 三、補辦臨時登記的工廠申請特定工廠登記依照第十八條第三項、第十九條第三項、第四項或第六項，或根據第二十條的規定被駁回。 例子：某工廠補辦臨時登記後，申請特定工廠登記被擱置，根據特定工廠登記辦法第 26 條，直轄市、縣（市）主管機關應依法處理。 四、特定工廠登記根據第十七條第五項或第二十三條的規定被撤銷或廢止。 例子：某特定工廠的登記根據特定工廠登記辦法第十七條第五項的規定被撤銷，根據特定工廠登記辦法第 26 條，直轄市、縣（市）主管機關應進行處理。
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