貨棧業者違反第五條第四項、第十一條第一項、第十二條、第十八條第三項或第四項規定者，由海關依關稅法第八十六條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下進儲貨物。
海關管理進出口貨棧辦法 第四章 罰則
§ 28–34-1共 11 條
（刪除）
貨棧業者違反第十九條第三項、第四項之簽證出口貨物退關報告單義務、第二十二條、第二十四條或第二十五條第二項規定者，由海關依關稅法第八十六條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三十萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下進儲貨物或廢止其登記。
- 貨棧業者違反第七條、第十三條、第十四條、第十五條第一項、第三項至第八項、第十六條、第十七條、第十九條第一項、第四項之退關貨物隔離堆置及明顯標示義務、第二十條、第二十一條或第二十三條規定者，由海關依關稅法第八十六條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三十萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下進儲貨物或廢止其登記。
- 貨棧業者有前項情事致存棧貨物因非法提運、遺失、遭竊或其他原因而短少者，由海關依關稅法第八十六條規定，處新臺幣三萬元以上一百萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下進儲貨物或廢止其登記。
（刪除）
- 貨棧業者違反第十三條之一、第十三條之二、第十八條第一項、第十九條第二項、第五項或第二十五條第一項規定者，由海關依關稅法第八十六條規定，予以警告或處新臺幣一萬元以上一百萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下進儲貨物或廢止其登記。
- 貨棧業者有前項情事致存棧貨物因非法提運、遺失、遭竊或其他原因而短少者，由海關依關稅法第八十六條規定，處新臺幣三萬元以上三百萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下進儲貨物或廢止其登記。
（刪除）
貨棧業者違反第十三條之二、第十八條第一項、第十九條第二項、第五項或第二十五條第一項規定，且因故意或重大過失涉有私運情事者，屬違規情節重大，海關應依關稅法第八十六條規定，停止六個月以下進儲貨物或廢止其登記。
貨棧業者違反第二十七條第二項規定者，海關得依關稅法第九十三條第二項規定，停止六個月以下業務之經營或廢止其登記。
（刪除）
貨棧業者經海關廢止其登記者，自廢止之日起二年內不得以同一名義再行申請登記。
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