（伝染性疾病についての届出義務）
家畜が家畜伝染病以外の伝染性疾病（農林水産省令で定めるものに限る。以下「届出伝染病」という。）にかかり、又はかかつている疑いがあることを発見したときは、当該家畜を診断し、又はその死体を検案した獣医師は、農林水産省令で定める手続に従い、遅滞なく、当該家畜又はその死体の所在地を管轄する都道府県知事にその旨を届け出なければならない。
2農林水産大臣は、前項の伝染性疾病を定める農林水産省令を制定し、又は改廃しようとするときは、厚生労働大臣の公衆衛生の見地からの意見を聴くとともに、食料・農業・農村政策審議会の意見を聴かなければならない。
3第一項の規定は、家畜が届出伝染病にかかり、又はかかつている疑いがあることを第四十条又は第四十五条の規定による検査中に発見した場合その他農林水産省令で定める場合には、適用しない。
4都道府県知事は、第一項の規定による届出があつたときは、農林水産省令で定める手続に従い、その旨を当該家畜又はその死体の所在地を管轄する市町村長に通報するとともに農林水産大臣に報告しなければならない。
（新疾病についての届出義務）
家畜が既に知られている家畜の伝染性疾病とその病状又は治療の結果が明らかに異なる疾病（以下「新疾病」という。）にかかり、又はかかつている疑いがあることを発見したときは、当該家畜を診断し、又はその死体を検案した獣医師は、農林水産省令で定める手続に従い、遅滞なく、当該家畜又はその死体の所在地を管轄する都道府県知事にその旨を届け出なければならない。
2前項の規定は、家畜が新疾病にかかり、又はかかつている疑いがあることを第四十条又は第四十五条の規定による検査中に発見した場合その他農林水産省令で定める場合には、適用しない。
3第一項の規定による届出を受けた都道府県知事は、当該届出に係る家畜又はその死体の所有者に対し、当該家畜又はその死体について家畜防疫員の検査を受けるべき旨を命ずるものとする。
4都道府県知事は、前項の検査により当該家畜がかかり、又はかかつている疑いがある疾病が、新疾病であり、かつ、家畜の伝染性疾病であることが判明した場合において、当該疾病の発生を予防することが必要であると認めるときは、農林水産省令で定める手続に従い、その旨を農林水産大臣に報告し、かつ、当該家畜又はその死体の所在地を管轄する市町村長に通報しなければならない。
5都道府県知事は、前項の場合には、同項の家畜の伝染性疾病の発生の状況を把握し、当該疾病の病原及び病因を検索するため、家畜又はその死体の所有者に対し、家畜又はその死体について家畜防疫員の検査を受けるべき旨を命ずるものとする。
6前項の規定による命令は、農林水産省令で定める手続に従い、その実施期日の三日前までに次に掲げる事項を公示して行う。
一実施の目的
二実施する区域
三実施の対象となる家畜又はその死体の種類及び範囲
四実施の期日
五検査の方法
7農林水産大臣は、第四項の規定による報告を受けたときは、同項の家畜の伝染性疾病の発生を予防するために必要な試験研究、情報収集等を行うよう努めなければならない。
（監視伝染病の発生の状況等を把握するための検査等）
都道府県知事は、農林水産省令の定めるところにより、家畜又はその死体の所有者に対し、家畜又はその死体について、家畜伝染病又は届出伝染病（以下「監視伝染病」と総称する。）の発生を予防し、又はその発生を予察するため必要があるときは、その発生の状況及び動向（以下この条において「発生の状況等」という。）を把握するための家畜防疫員の検査を受けるべき旨を命ずることができる。
2前項の規定による命令は、農林水産省令で定める手続に従い、その実施期日の十日前までに次に掲げる事項を公示して行う。ただし、緊急の場合には、その期間を三日まで短縮することができる。
一実施の目的
二実施する区域
三実施の対象となる家畜又はその死体の種類及び範囲
四実施の期日
五検査の方法
3都道府県知事は、農林水産省令の定めるところにより、家畜以外の動物が第二条第一項の表の上欄に掲げる伝染性疾病にかかり、又はかかつている疑いがあることが発見された場合において、当該伝染性疾病が当該動物から家畜に伝染するおそれがあると認めるときは、当該都道府県の職員に当該動物についての当該伝染性疾病の発生の状況等を把握するための検査を行わせることができる。
4都道府県知事は、第一項及び前項の検査の結果を、農林水産省令の定めるところにより、農林水産大臣に報告しなければならない。
5農林水産大臣は、都道府県知事に対し、第四条第四項、前項若しくは第十三条第四項の規定による報告又は第十三条の二第五項の規定による判定の結果により得られた監視伝染病の発生の状況等についての情報を提供するとともに、監視伝染病の発生の予防のために必要な指導を行うものとする。
6都道府県知事は、前項の規定による情報の提供又は指導を受けたときは、家畜の所有者又はその組織する団体に対し、監視伝染病の発生の予防のために必要な助言及び指導を行うものとする。
7都道府県知事は、家畜の所有者又はその組織する団体が行う監視伝染病の発生の予防のための措置の効果が適切に確保されるようにするため特に必要があると認めるときは、農林水産大臣又は関係都道府県知事に対し、農林水産大臣又は関係都道府県知事が講ずべき措置について、必要な要請をすることができる。
（注射、薬浴又は投薬）
都道府県知事は、特定疾病（第四条の二第五項の検査の実施の目的として公示されたものをいう。以下同じ。）又は監視伝染病の発生を予防するため必要があるときは、家畜の所有者に対し、家畜について家畜防疫員の注射、薬浴又は投薬を受けるべき旨を命ずることができる。
2前項の規定による命令には、前条第二項の規定を準用する。この場合において、同項第五号中「検査の」とあるのは、「注射、薬浴又は投薬の別及びその」と読み替えるものとする。
（検査、注射、薬浴又は投薬を行つた旨の表示）
都道府県知事は、第四条の二第三項若しくは第五項若しくは第五条第一項の規定による検査を受けた家畜若しくはその死体又は前条第一項の規定による注射、薬浴若しくは投薬を受けた家畜に、農林水産省令の定めるところにより、検査、注射、薬浴又は投薬を行つた旨のらく印、いれずみその他の標識を家畜防疫員に付させることができる。
（証明書の交付）
都道府県知事は、第四条の二第三項若しくは第五項若しくは第五条第一項の規定による検査を受けた家畜若しくはその死体又は第六条第一項の規定による注射、薬浴若しくは投薬を受けた家畜の所有者から請求があつたときは、農林水産省令の定めるところにより、検査、注射、薬浴又は投薬を行つた旨の証明書を交付しなければならない。
（衛生管理区域における消毒設備の設置等の義務）
政令で定める家畜の所有者は、農林水産省令の定めるところにより、衛生管理区域（畜舎その他の農林水産省令で定める施設及びその敷地（農林水産省令で定める敷地を除く。）をいう。以下同じ。）の出入口付近に、特定疾病又は監視伝染病の発生を予防するために必要な消毒をする設備を設置しなければならない。
2前項の設備が設置されている衛生管理区域に出入りする者は、農林水産省令の定めるところにより、あらかじめ、当該設備を利用して、その身体を消毒するとともに、当該衛生管理区域に持ち込み、又は当該衛生管理区域から持ち出す物品であつて農林水産省令で定めるものを消毒しなければならない。
3第一項の設備が設置されている衛生管理区域に車両を入れ、又は当該衛生管理区域から車両を出す者は、農林水産省令の定めるところにより、あらかじめ、当該設備を利用して、当該車両を消毒しなければならない。
（消毒方法等の実施）
都道府県知事は、特定疾病又は監視伝染病の発生を予防するため必要があるときは、区域を限り、家畜の所有者に対し、農林水産省令の定めるところにより、消毒方法、清潔方法又はねずみ、昆虫等の駆除方法を実施すべき旨を命ずることができる。
（伝染性疾病の病原体により汚染された場所の消毒等）
都道府県知事は、家畜以外の動物が第二条第一項の表の上欄に掲げる伝染性疾病にかかつていることが発見された場合（当該動物が牛疫、牛肺疫、口蹄疫、豚熱、アフリカ豚熱、高病原性鳥インフルエンザ又は低病原性鳥インフルエンザにかかつていることが発見された場合にあつては、当該動物がいた場所又はその死体があつた場所の周辺に衛生管理区域がある場合に限る。）において、同表の上欄に掲げる伝染性疾病が当該動物から家畜に伝染するおそれが高いと認めるときは、家畜伝染病の発生を予防するため必要な限度において、当該動物がいた場所又はその死体があつた場所その他当該伝染性疾病の病原体により汚染し、又は汚染したおそれがある場所又は物品を当該都道府県の職員に消毒させることができる。
2都道府県知事は、前項の規定による消毒をする場所の付近を通行する者に対し、家畜伝染病の発生を予防するため必要な限度において、その身体又はその場所の付近を通過させる車両の消毒を受けるよう求めることができる。
3都道府県知事又は市町村長は、家畜以外の動物が牛疫、牛肺疫、口蹄疫、豚熱、アフリカ豚熱、高病原性鳥インフルエンザ又は低病原性鳥インフルエンザにかかつていることが発見された場合（当該動物がいた場所又はその死体があつた場所の周辺に衛生管理区域がある場合に限る。）において、当該伝染性疾病の病原体による家畜伝染病の発生を予防するため緊急の必要があるときは、政令で定める手続に従い、七十二時間を超えない範囲内において期間を定め、当該動物がいた場所又はその死体があつた場所（これに隣接して当該伝染性疾病の病原体により汚染し、又は汚染したおそれがある場所を含む。）とその他の場所との通行を制限し、又は遮断することができる。
（化製場についての制限）
化製場においては、農林水産大臣が特定疾病又は監視伝染病の発生を予防するため必要があると認めて指定する骨肉皮毛類については、農林水産省令で定める基準に適合する設備及び方法によるのでなければ、これを原料とする製造を行つてはならない。
（家畜集合施設についての制限）
競馬、家畜市場、家畜共進会等家畜を集合させる催物であつて農林水産大臣の指定するものの開催者は、その開催中、農林水産省令の定めるところにより、家畜診断所、隔離所、汚物だめその他特定疾病又は監視伝染病の発生を予防するために必要な設備を備えなければならない。
2前項の規定により家畜診断所を備えなければならない催物の開催者は、その開催中、その家畜診断所において特定疾病又は監視伝染病にかかつていないと診断された家畜以外の家畜をその開催の場所においてけい留させてはならない。ただし、前項の隔離所にけい留する場合は、この限りでない。
（報告及び通報の義務）
都道府県知事は、この章の規定により特定疾病又は監視伝染病の発生の予防のためとつた措置につき、農林水産省令の定めるところにより、その実施状況及び実施の結果を農林水産大臣に報告するとともに関係都道府県知事に通報しなければならない。
（飼養衛生管理基準）
農林水産大臣は、政令で定める家畜について、その飼養規模の区分に応じ、農林水産省令で、当該家畜の飼養に係る衛生管理（第二十一条第一項の規定による焼却又は埋却が必要となる場合に備えた土地の確保その他の措置を含む。以下同じ。）の方法に関し家畜の所有者が遵守すべき基準（以下「飼養衛生管理基準」という。）を定めなければならない。
2飼養衛生管理基準は、次に掲げる事項について定めるものとする。
一当該家畜の飼養に係る衛生管理の方法に関する基本的な事項
二衛生管理区域への家畜の伝染性疾病の病原体の侵入の防止の方法に関する事項
三衛生管理区域内における家畜の伝染性疾病の病原体による汚染の拡大の防止の方法に関する事項
四衛生管理区域外への家畜の伝染性疾病の病原体の拡散の防止の方法に関する事項
五前各号に掲げるもののほか、当該家畜の飼養に係る衛生管理の方法に関し必要な事項
3飼養衛生管理基準が定められた家畜の所有者は、当該飼養衛生管理基準に定めるところにより、当該家畜の飼養に係る衛生管理を行わなければならない。
4農林水産大臣は、少なくとも五年ごとに飼養衛生管理基準に再検討を加え、必要があると認めるときは、これを改正するものとする。
5農林水産大臣は、飼養衛生管理基準を設定し、改正し、又は廃止しようとするときは、食料・農業・農村政策審議会の意見を聴くとともに、都道府県知事の意見を求めなければならない。
（飼養衛生管理者）
飼養衛生管理基準が定められた家畜の所有者は、当該家畜の飼養に係る衛生管理を適正に行うため、農林水産省令で定めるところにより、衛生管理区域ごとに、次に掲げる業務を行う飼養衛生管理者を選任しなければならない。ただし、当該家畜の所有者が自ら飼養衛生管理者となる衛生管理区域については、この限りでない。
一衛生管理区域において当該家畜の飼養を行う者その他当該衛生管理区域に出入りする者（以下この項において「従事者等」という。）を管理すること。
二従事者等に対して当該飼養衛生管理基準の周知を行うこと。
三従事者等に対して当該家畜の飼養に係る衛生管理を適正に行うために必要な教育及び訓練を行うこと。
2前項の家畜の所有者は、飼養衛生管理者について、農林水産省令で定めるところにより、必要な研修を受けさせる等同項各号に掲げる業務を行うために必要な知識及び技術の習得及び向上を図るよう努めなければならない。
（飼養衛生管理指導等指針）
農林水産大臣は、第十二条の五の規定による指導及び助言、第十二条の六第一項の規定による勧告並びに同条第二項の規定による命令その他都道府県知事が行う飼養衛生管理基準が定められた家畜の飼養に係る衛生管理の改善を図るための措置（以下「飼養衛生管理に係る指導等」という。）の実施に関する指針（以下「飼養衛生管理指導等指針」という。）を定めなければならない。
2飼養衛生管理指導等指針は、次に掲げる事項について定めるものとする。
一飼養衛生管理に係る指導等の実施に関する基本的な方向
二重点的に飼養衛生管理に係る指導等を実施すべき事項
三飼養衛生管理に係る指導等の実施体制に関する事項
四前三号に掲げるもののほか、飼養衛生管理に係る指導等の実施に関する重要事項
3農林水産大臣は、最新の科学的知見並びに家畜の伝染性疾病の我が国及び外国における発生の状況及び動向を踏まえ、少なくとも三年ごとに飼養衛生管理指導等指針に再検討を加え、必要があると認めるときは、これを変更するものとする。
4農林水産大臣は、飼養衛生管理指導等指針を定め、又は変更しようとするときは、食料・農業・農村政策審議会の意見を聴かなければならない。
5農林水産大臣は、飼養衛生管理指導等指針を定め、又は変更したときは、遅滞なく、これを公表するとともに、都道府県知事に通知しなければならない。
（飼養衛生管理指導等計画）
都道府県知事は、飼養衛生管理指導等指針に即して、三年ごとに、三年を一期として、飼養衛生管理指導等計画（飼養衛生管理に係る指導等の実施に関する計画をいう。以下同じ。）を定めなければならない。
2飼養衛生管理指導等計画は、次に掲げる事項について定めるものとする。
一飼養衛生管理に係る指導等の実施に関する基本的な方向
二当該都道府県の区域内における飼養衛生管理基準が定められた家畜の飼養に係る衛生管理の状況並びに家畜の伝染性疾病の発生の状況及び動向を把握するために必要な情報の収集に関する事項
三重点的に飼養衛生管理に係る指導等を実施すべき事項
四飼養衛生管理基準が定められた家畜の所有者又はその組織する団体が行う当該家畜の飼養に係る衛生管理の向上のための自主的措置を助長する措置に関する事項
五飼養衛生管理に係る指導等の実施体制に関する事項
六前各号に掲げるもののほか、飼養衛生管理に係る指導等の実施に関し必要な事項
3飼養衛生管理指導等計画は、当該都道府県の区域内における飼養衛生管理基準が定められた家畜の飼養に係る衛生管理の状況、家畜の伝染性疾病の発生の状況及び動向その他の地域の実情を勘案して定められなければならない。
4都道府県知事は、飼養衛生管理指導等指針が変更された場合には、飼養衛生管理指導等計画に検討を加え、必要があると認めるときは、これを変更するものとする。都道府県知事が、当該都道府県の区域内における家畜の伝染性疾病の発生の状況及び動向又は飼養衛生管理指導等計画の実施状況を踏まえ、必要があると認めるときも、同様とする。
5都道府県知事は、飼養衛生管理指導等計画を定め、又は変更したときは、遅滞なく、これを公表するとともに、農林水産省令で定めるところにより、農林水産大臣に報告しなければならない。
（定期の報告）
飼養衛生管理基準が定められた家畜の所有者は、毎年、農林水産省令の定めるところにより、その飼養している当該家畜の頭羽数及び当該家畜の飼養に係る衛生管理の状況に関し、農林水産省令で定める事項を当該家畜の所在地を管轄する都道府県知事に報告しなければならない。
2都道府県知事は、前項の規定による報告を受けたときは、農林水産省令の定めるところにより、遅滞なく、当該報告に係る事項を当該家畜の所在地を管轄する市町村長に通知しなければならない。
（指導及び助言）
都道府県知事は、飼養衛生管理基準が定められた家畜の飼養に係る衛生管理が適正に行われることを確保するため必要があるときは、飼養衛生管理指導等計画に即して、改善すべき事項を記載した文書の提示その他の農林水産省令で定める方法により、当該家畜の所有者に対し、当該飼養衛生管理基準に定めるところにより当該家畜の飼養に係る衛生管理が行われるよう必要な指導及び助言をすることができる。
（勧告等）
都道府県知事は、前条の指導又は助言をした場合において、家畜の所有者がなお飼養衛生管理基準を遵守していないと認めるときは、飼養衛生管理指導等計画に即して、改善すべき事項を記載した文書の提示その他の農林水産省令で定める方法により、その者に対し、期限を定めて、家畜の飼養に係る衛生管理の方法を改善すべきことを勧告することができる。
2都道府県知事は、前項の規定による勧告を受けた者がその勧告に従わないときは、飼養衛生管理指導等計画に即して、改善すべき事項を記載した文書の提示その他の農林水産省令で定める方法により、その者に対し、期限を定めて、その勧告に係る措置をとるべきことを命ずることができる。
3都道府県知事は、前項の規定による命令を受けた者が、正当な理由がなくてその命令に従わなかつたときは、その旨を公表することができる。
（家畜の飼養に係る衛生管理の状況等の公表）
農林水産大臣は、飼養衛生管理基準が定められた家畜の飼養に係る衛生管理の状況、飼養衛生管理指導等計画の実施状況及び家畜防疫員の確保の状況を、農林水産省令で定めるところにより、インターネットの利用その他の適切な方法により公表するものとする。
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出典：e-Gov法令検索（デジタル庁）