復興特別法人税に係る次の表の第一欄に掲げる法律の適用については、同表の第二欄に掲げる規定中同表の第三欄に掲げる字句は、同表の第四欄に掲げる字句とする。
2前項に定めるもののほか、法人税又は復興特別法人税に係る国税通則法の規定の適用については、次に定めるところによる。
一国税通則法第七十一条第一項第一号の規定の適用については、法人税及び復興特別法人税は、同一の税目に属する国税とみなす。
二法人税又は復興特別法人税に係る国税通則法第五十八条第一項第一号イに規定する更正決定等（以下この条において「更正決定等」という。）について不服申立てがされている場合において、当該法人税又は復興特別法人税と納税義務者及び事業年度が同一である他の復興特別法人税又は法人税についてされた更正決定等があるときは、同法第九十条第一項若しくは第二項、第百四条第二項又は第百十五条第一項第二号の規定の適用については、当該他の復興特別法人税又は法人税についてされた更正決定等は、当該法人税又は復興特別法人税の同法第十九条第一項に規定する課税標準等又は税額等についてされた他の更正決定等とみなす。
3国税通則法第七十条第三項（所得税法等の一部を改正する法律（平成三十一年法律第六号。以下この条において「平成三十一年改正法」という。）附則第五十六条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における平成三十一年改正法第十一条の規定による改正前の租税特別措置法第六十六条の四第二十一項又は平成三十一年改正法附則第七十三条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における平成三十一年改正法第十一条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の八十八第二十二項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の規定により法人税について更正の請求（国税通則法第二十三条第一項の規定による更正の請求をいう。以下この項及び第五項において同じ。）に係る更正が行われた場合には、当該法人税に係る復興特別法人税についての更正若しくは決定（国税通則法第二十五条の規定による決定をいう。第五項において同じ。）又は当該更正若しくは決定に伴って行われることとなる加算税（国税通則法第六十九条に規定する加算税をいう。以下この条において同じ。）についてする賦課決定（国税通則法第三十二条第一項又は第二項の規定による決定をいう。以下この条において同じ。）は、国税通則法第七十条第一項及び第二項の規定並びに第八項の規定にかかわらず、当該更正の請求があった日から六月を経過する日まで、することができる。同条第三項（第八項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の規定により復興特別法人税について更正の請求に係る更正が行われた場合における当該復興特別法人税に係る法人税についての更正又は賦課決定についても、同様とする。
4前項の場合において、国税通則法第七十条第五項、第七十一条及び第七十二条の規定の適用については、同項中「又は前二項」とあるのは「若しくは前二項又は東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な財源の確保に関する特別措置法（以下「特別措置法」という。）第六十三条第三項（復興特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）」と、同項第二号中「又は第三項」とあるのは「若しくは第三項又は特別措置法第六十三条第三項」と、同法第七十一条第一項中「日が前条」とあるのは「日が前条又は特別措置法第六十三条第三項（復興特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）」と、「同条」とあるのは「前条及び同項」と、同項第四号ロ中「前条」とあるのは「前条又は特別措置法第六十三条第三項」と、同法第七十二条第一項中「あつた日」とあるのは「あつた日とし、特別措置法第六十三条第三項（復興特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）の規定による更正若しくは決定又は賦課決定により納付すべきものについては、同項に規定する更正又は決定があつた日」とする。
5国税通則法第七十一条第一項（第三号に係る部分に限り、平成三十一年改正法附則第五十六条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における平成三十一年改正法第十一条の規定による改正前の租税特別措置法第六十六条の四第二十一項又は平成三十一年改正法附則第七十三条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における平成三十一年改正法第十一条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の八十八第二十二項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の規定により法人税について更正の請求に係る更正が行われた場合において、同号に定める期間の満了する日が国税通則法第七十条の規定又は第三項若しくは第八項の規定により当該法人税に係る復興特別法人税についての更正決定等をすることができる期間の満了する日後に到来するときは、当該復興特別法人税についての更正若しくは決定又は当該更正若しくは決定に伴って行われることとなる加算税についてする賦課決定は、同条の規定並びに第三項及び第八項の規定にかかわらず、当該更正の請求があった日から六月間においても、することができる。同法第七十一条第一項（同号に係る部分に限り、第八項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の規定により復興特別法人税について更正の請求に係る更正が行われた場合において、同号に定める期間の満了する日が同法第七十条の規定、平成三十一年改正法附則第五十六条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における平成三十一年改正法第十一条の規定による改正前の租税特別措置法第六十六条の四第二十一項若しくは平成三十一年改正法附則第七十三条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における平成三十一年改正法第十一条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の八十八第二十二項の規定又は第三項の規定により当該復興特別法人税に係る法人税についての更正決定等をすることができる期間の満了する日後に到来するときにおける当該法人税についての更正又は賦課決定についても、同様とする。
6前項の場合において、国税通則法第七十二条第一項の規定の適用については、同項中「あつた日」とあるのは、「あつた日とし、東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な財源の確保に関する特別措置法第六十三条第五項（復興特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）の規定による更正若しくは決定又は賦課決定により納付すべきものについては、同項に規定する更正又は決定があつた日」とする。
7法人の各課税事業年度の所得に対する法人税又は連結所得に対する法人税につき平成三十一年改正法附則第五十六条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における平成三十一年改正法第十一条の規定による改正前の租税特別措置法第六十六条の四第二十項又は平成三十一年改正法附則第七十三条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における平成三十一年改正法第十一条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の八十八第二十一項の規定の適用がある場合には、当該各課税事業年度の復興特別法人税（これらの規定の適用に係る部分に限る。）に係る国税通則法第二十三条第一項（第二号を除く。）の規定の適用については、同項中「五年」とあるのは、「六年」とする。
8更正決定等で次の各号に掲げるものは、国税通則法第七十条第一項の規定にかかわらず、当該各号に定める期限又は日から六年を経過する日まで、することができる。この場合において、同条第三項及び第五項並びに同法第七十一条第一項の規定の適用については、同法第七十条第三項中「の規定により」とあるのは「及び東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な財源の確保に関する特別措置法（以下「特別措置法」という。）第六十三条第八項（復興特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）の規定により」と、「、前二項」とあるのは「、前二項及び同条第八項」と、同条第五項中「又は前二項」とあるのは「若しくは前二項又は特別措置法第六十三条第八項」と、同法第七十一条第一項中「日が前条」とあるのは「日が前条及び特別措置法第六十三条第八項（復興特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）」と、「同条」とあるのは「前条及び同項」と、同項第四号ロ中「前条」とあるのは「前条及び特別措置法第六十三条第八項」とする。
一次に掲げる更正決定（更正又は国税通則法第二十五条の規定による決定をいう。以下この項において同じ。）に伴い同法第十九条第一項に規定する課税標準等（以下この項において「課税標準等」という。）又は同条第一項に規定する税額等（以下この項において「税額等」という。）に異動を生ずべき復興特別法人税に係る更正決定1当該更正決定に係る復興特別法人税の同法第二条第七号に規定する法定申告期限（イ又はロの法人税に係る更正が同法第六十一条第一項に規定する還付請求申告書に係る更正である場合には、当該還付請求申告書を提出した日）2
二前号イ若しくはロに掲げる更正決定又は同号イに規定する事実に基づいてする法人税に係る国税通則法第二条第六号に規定する納税申告書（同法第十七条第二項に規定する期限内申告書を除く。以下この号において「納税申告書」という。）の提出若しくは前号ロに規定する異動を生ずべき法人税に係る納税申告書の提出に伴い課税標準等又は税額等に異動を生ずべき復興特別法人税に係る更正決定又は納税申告書の提出に伴いその復興特別法人税に係る加算税についてする賦課決定1その納税義務の成立の日2
9平成三十一年改正法附則第五十六条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における平成三十一年改正法第十一条の規定による改正前の租税特別措置法第六十六条の四第二十二項及び第二十三項並びに平成三十一年改正法附則第七十三条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における平成三十一年改正法第十一条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の八十八第二十三項及び第二十四項の規定は、復興特別法人税に係る国税通則法第七十二条第一項に規定する国税の徴収権の時効について準用する。
10第八項の規定により読み替えて適用される国税通則法第七十条第三項の規定による更正又は賦課決定により納付すべき復興特別法人税に係る同法第七十二条第一項の規定の適用については、同項中「（第七十条第三項」とあるのは「（特別措置法第六十三条第八項（復興特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）の規定により読み替えて適用される第七十条第三項」と、「、第七十条第三項」とあるのは「、特別措置法第六十三条第八項の規定により読み替えて適用される第七十条第三項」とする。
11平成三十一年改正法附則第五十六条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における平成三十一年改正法第十一条の規定による改正前の租税特別措置法第六十六条の四第二十五項及び平成三十一年改正法附則第七十三条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における平成三十一年改正法第十一条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の八十八第二十六項の規定は、復興特別法人税に係る延滞税について準用する。
12租税特別措置法第六十六条の四の二の規定は、第八項第一号に掲げる更正決定により納付すべき復興特別法人税の額及び当該復興特別法人税の額に係る加算税の額について準用する。この場合において、同条第四項中「納税の猶予）」とあるのは「納税の猶予）（東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な財源の確保に関する特別措置法第六十三条第十二項（復興特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）において準用する場合を含む。以下同じ。）」と、同条第六項中「の規定による納税の猶予を含む。）又は」と、同法第五十二条第一項」とあるのは「（東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な財源の確保に関する特別措置法第六十三条第十二項（復興特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）において準用する場合を含む。以下同じ。）の規定による納税の猶予を含む。）又は」と、同法第五十二条第一項」と、「の規定による納税の猶予を含む。）又は」と、同条第十号」とあるのは「（東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な財源の確保に関する特別措置法（平成二十三年法律第百十七号）第六十三条第十二項（復興特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）において準用する場合を含む。以下同じ。）の規定による納税の猶予を含む。）又は」と、同条第十号」と読み替えるものとする。
13租税条約等実施特例法第七条第一項の規定は、同項に規定する合意が行われたことにより、内国法人の各課税事業年度の復興特別法人税の額又は相手国居住者等（租税条約等実施特例法第二条第四号に規定する相手国居住者等をいう。次項において同じ。）の各課税事業年度の復興特別法人税の額のうちに減額されるものがある場合について準用する。
14租税条約等実施特例法第七条第四項の規定は、内国法人又は相手国居住者等が第五十七条各号に掲げる金額につき租税条約等実施特例法第七条第一項（前項において準用する場合を含む。）の更正を受けた場合において、その更正に伴い、その更正に係る事業年度若しくは連結事業年度後の各課税事業年度の復興特別法人税申告書に記載した、若しくは国税通則法第二十五条の規定による決定を受けた課税事業年度に係る第五十三条第一項第一号若しくは第二号に掲げる金額（当該金額につき修正申告書の提出又は更正があった場合には、その申告又は更正後の金額）が過大となるとき、又はその更正に係る事業年度若しくは連結事業年度後の各課税事業年度の復興特別法人税申告書に記載した課税事業年度に係る同項第三号に掲げる金額（当該金額につき修正申告書の提出又は更正があった場合には、その申告又は更正後の金額）が過少となるときのその更正を受けた内国法人又は相手国居住者等について準用する。この場合において、租税条約等実施特例法第七条第四項の表法人税法第八十条の二の項及び法人税法第八十二条の項中「更正の特例）」とあるのは、「更正の特例）（東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な財源の確保に関する特別措置法（平成二十三年法律第百十七号）第六十三条第十三項（復興特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）において準用する場合を含む。）」と読み替えるものとする。
15租税条約等実施特例法第七条第五項の規定は、第十三項において準用する同条第一項の規定による更正に係る還付金又は過納金について準用する。
16前各項に定めるもののほか、復興特別法人税に係る法人税に関する法令の規定の技術的読替えその他この章の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
