沖縄の復帰に伴う国税関係法令の適用の特別措置等に関する政令 第三章　法人税

沖縄法人（法第七十六条第一項に規定する沖縄法人をいう。以下この章において同じ。）に係る法人税法の規定の適用については、当該沖縄法人は、その施行日前に開始し、かつ、同日以後に終了する事業年度（以下この章において「経過事業年度」という。）開始の日において同法第二条第三号に規定する内国法人に該当することとなつたものとみなす。

2外国法人（法第七十六条第三項に規定する外国法人をいう。以下この章において同じ。）に係る法人税法の規定の適用については、当該外国法人の経過事業年度開始の日から施行日の前日までの間に生じた沖縄源泉所得（同項に規定する沖縄源泉所得をいう。以下この章において同じ。）に係る所得は、当該外国法人の同法第百三十八条に規定する国内源泉所得（以下この章において「本土源泉所得」という。）に係る所得に該当するものとみなす。

沖縄法人で施行日の直前に終了した事業年度（当該事業年度において生じた本土源泉所得に係る所得に対する法人税法第七十四条第一項の規定による申告書の提出期限が同日以後に到来するものに限る。）において生じた本土源泉所得に係る所得を有するものの当該本土源泉所得に係る所得は、同法の規定の適用については、これを本土源泉所得に係る所得以外の所得とみなし、法第七十二条第三項の規定により本邦の法令としての効力を有することとされる沖縄法人税法の規定の適用については、これを沖縄源泉所得に係る所得とみなす。

2前項の場合において、同項に規定する本土源泉所得について本邦の法令の規定により課された、又は課されるべき所得税、法人税又は道府県民税及び市町村民税（都民税を含む。）は、法第七十二条第三項の規定により本邦の法令としての効力を有することとされる沖縄法人税法の規定の適用については、それぞれ沖縄法令の規定により課された、又は課されるべき所得税、法人税又は市町村民税とみなす。

3法人（法人税法第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下この章において同じ。）のうち法の施行の際本土に本店又は主たる事務所を有するもの（以下この章において「本土法人」という。）で、施行日の直前に終了した事業年度（当該事業年度の法人税法第七十四条第一項の規定による申告書の提出期限が同日以後に到来するものに限る。）において生じた沖縄源泉所得に係る所得を有するものの当該沖縄源泉所得に係る所得は、同法の規定の適用については、これを国内源泉所得に係る所得とみなし、法第七十二条第三項の規定により本邦の法令としての効力を有することとされる沖縄法人税法の規定の適用については、これを沖縄源泉所得以外の所得とみなす。

4前項の場合において、同項に規定する沖縄源泉所得について沖縄法令の規定（法第七十二条第三項又は第百五十四条第三項の規定により本邦の法令としての効力を有することとされる沖縄法令の規定を含む。第四十三条第一項において同じ。）により課された、又は課されるべき所得税、法人税又は市町村民税は、法人税法の規定の適用については、それぞれ本邦の法令の規定により課された、又は課されるべき所得税、法人税又は市町村民税とみなす。

青色申告書を提出する沖縄法人の有する機械及び装置の償却費として平成十四年五月十四日までに終了する各事業年度の所得の金額の計算上当該各事業年度の損金の額に算入する金額の限度額は、法人税法第三十一条第一項又は第二項の規定にかかわらず、当該機械及び装置の普通償却限度額（同条第一項に規定する償却限度額又は同条第二項に規定する償却限度額に相当する金額をいう。）に百分の百十を乗じて計算した金額とする。

2租税特別措置法第四十三条第二項の規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。

沖縄法人が沖縄法令の規定により課された、又は課されるべき所得税、法人税又は市町村民税は、法人税法の規定の適用については、当該沖縄法人がそれぞれ本邦の法令の規定により課された、又は課されるべき所得税、法人税又は市町村民税とみなす。

2沖縄法人が経過事業年度開始の日から施行日の前日までの間に納付した沖縄法人税法第三十六条の二第一項の規定により徴収猶予された法人税額に係る利子税額及び施行日以後に納付する同法の規定による法人税に係る延滞税の額のうち当該利子税額に相当するものは、当該沖縄法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。

沖縄法人が、施行日以後最初に終了する事業年度開始の日において有する沖縄法人税法（これに基づく規則を含む。以下この項において同じ。）の規定による補助金に係る特別勘定の金額、保険差益に係る引当金若しくは特別勘定の金額又は貸倒引当金勘定、退職給与引当金勘定若しくは船舶修繕引当金勘定の金額（既に同立法の規定により取りくずすべきこととなつたものを除く。）は、それぞれ法人税法（これに基づく命令を含む。）の規定によりその沖縄法人の各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された補助金に係る特別勘定の金額、保険差益に係る引当金若しくは特別勘定の金額又は貸倒引当金勘定、退職給与引当金勘定若しくは特別修繕引当金勘定の金額とみなす。

2沖縄法人が、経過事業年度開始の日から施行日の前日までの間に受けた沖縄の法人税法施行規則（千九百五十三年規則第四十二号。以下「沖縄法人税法施行規則」という。）第十条第一項に規定する政府補助金等は、法人税法第四十三条第一項に規定する国庫補助金等とみなして、同条及び同法第四十四条の規定を適用する。

3金融及び保険業を主として営む沖縄法人の基準日（施行日以後一年を経過した日（当該沖縄法人のうち法人税法施行令の一部を改正する政令（昭和四十七年政令第十一号。以下次項までにおいて「昭和四十七年改正政令」という。）附則第二項に規定する銀行等以外の法人については、施行日以後二年を経過した日）をいう。）の前日までに終了する事業年度における法人税法第五十二条第一項に規定する政令で定めるところにより計算した金額（以下この条において「貸倒引当金繰入限度額」という。）は、昭和四十七年改正政令による改正前の法人税法施行令第九十七条の規定により計算した金額（租税特別措置法第五十七条の六の規定の適用を受ける沖縄法人については、当該金額の百分の百二十に相当する金額）とする。

4前項に規定する沖縄法人の昭和五十年十月一日前に開始する事業年度（同項に規定する基準日以後に終了する事業年度に限る。）における貸倒引当金繰入限度額の計算については、法人税法施行令の一部を改正する政令（昭和四十九年政令第七十七号。第六項において「昭和四十九年改正政令」という。）による改正前の昭和四十七年改正政令附則第四項中「基準日」とあるのは、「沖縄の復帰に伴う国税関係法令の適用の特別措置等に関する政令第四十四条第三項に規定する基準日」として、同令附則第四項及び第五項の規定の例による。

5第三項に規定する沖縄法人の昭和五十年十月一日前に開始する事業年度における貸倒引当金繰入限度額の計算については、前二項の規定の適用がある場合を除き、法人税法施行令第九十七条第三号中「千分の十」とあるのは、「千分の十二」として、同号の規定を適用する。

6第三項に規定する沖縄法人のうち、金融及び保険業を営む法人についての貸倒引当金の繰入限度額の臨時特例に関する政令（昭和五十年政令第二百六十二号）第一条第二項に規定する銀行等以外の法人に係る昭和四十九年改正政令附則第五条の規定の適用については、同条第一項中「施行日から昭和五十一年三月三十一日まで」とあるのは「昭和五十年十月一日から昭和五十二年三月三十一日まで」と、「千分の十一」とあるのは「千分の十一・五（昭和五十一年四月一日から昭和五十二年三月三十一日までの間に開始する事業年度にあつては、千分の十一）」と、同条第五項中「施行日から昭和五十一年三月三十一日まで」とあるのは「昭和五十年十月一日から昭和五十二年三月三十一日まで」と、「規定中」とあるのは「規定中「施行日」とあるのは「昭和五十年十月一日（昭和五十一年四月一日から昭和五十二年三月三十一日までの間に開始する事業年度（以下「千分の十一適用年度」という。）にあつては、昭和五十一年四月一日）」と、」と、「昭和五十一年四月一日前に開始する」とあるのは「昭和五十二年四月一日前に開始する」と、「と読み替える」とあるのは「と、「改正前の法人税法施行令（以下「旧令」という。）第九十七条」とあるのは「改正前の法人税法施行令（以下「旧令」という。）第九十七条（千分の十一適用年度にあつては、法人税法施行令の一部を改正する政令（昭和四十九年政令第七十七号）附則第五条第一項（千分の十一適用年度に係る部分を除く。次項第二号において同じ。）の規定により読み替えられた新令第九十七条）」と、「旧令第九十七条」とあるのは「旧令第九十七条（千分の十一適用年度にあつては、法人税法施行令の一部を改正する政令（昭和四十九年政令第七十七号）附則第五条第一項の規定により読み替えられた新令第九十七条）」と読み替える」とする。

7沖縄法人で施行日以後最初に終了する事業年度開始の日において前事業年度から繰り越された退職給与引当金勘定の金額を有するものの施行日以後最初に終了する事業年度の所得に対する法人税に係る法人税法施行令第百六条及び第百七条第一項第二号の規定の適用については、同令第百六条第一項第二号及び第百七条第一項第二号中「期末退職給与の要支給額の百分の五十に相当する金額」とあるのは、「期末退職給与の要支給額」とする。

8前項に規定する沖縄法人で施行日以後最初に終了する事業年度の翌事業年度終了の日における前事業年度から繰り越された退職給与引当金勘定の金額が同日における法人税法施行令の一部を改正する政令（昭和五十五年政令第四十一号）による改正前の法人税法施行令第百七条第一項第二号に規定する期末退職給与の要支給額の百分の五十に相当する金額を超えるものについては、施行日以後最初に終了する事業年度の翌事業年度以後、前事業年度から繰り越された退職給与引当金勘定の金額がその事業年度終了の日における法人税法施行令第百七条第一項第二号に規定する期末退職給与の要支給額の百分の四十に相当する金額以下となる最初の事業年度の直前事業年度までの各事業年度の所得に対する法人税につき、同号の規定を適用する場合には、同号中「期末退職給与の要支給額の百分の四十に相当する金額」とあるのは、「期末退職給与の要支給額」とする。

9第七項に規定する沖縄法人が、施行日以後最初に終了する事業年度において法人税法施行令第百七条第一項第一号に掲げる場合に該当することとなつた場合における退職給与引当金勘定の金額の取りくずしについては、同号の規定の適用を受けることに代えて、沖縄法人税法施行規則第三十二条の規定の例によることができる。

外国法人でその事業に係る事務所、事業所その他これらに準ずるもの又はその不動産その他これに準ずるもの（以下「事業所等」という。）の所在地が施行日前から引き続き本土及び沖縄にあるものは、同日以後最初に提出すべき法人税に係る申告書の提出期限までにこれらの事業所等に係る従前の納税地のうち法人税法第十七条に規定する納税地を書面により従前の納税地の所轄税務署長にそれぞれ届け出なければならない。この場合においては、同法第二十条の規定は、適用しない。

2本土源泉所得及び沖縄源泉所得を有する外国法人が、施行日以後最初に終了する事業年度に係る法人税法第百四十五条第一項において準用する同法第七十一条第一項に規定する申告書（当該申告書の提出期限が同日以後のものに限る。）を提出する場合には、同項第一号に掲げる金額は、当該金額と当該外国法人の沖縄源泉所得に係る所得につき沖縄法人税法第二十八条第一項の規定の適用があるものとした場合において同項に規定する申告書に記載すべき法人税額の百分の九十に相当する金額との合計額とする。

3本土源泉所得及び沖縄源泉所得を有する外国法人の施行日以後に終了する事業年度において生じた欠損金額がある場合における法人税法第百四十五条第一項において準用する同法第八十一条の規定の適用については、同条第一項中「開始の日前一年以内に開始したいずれかの事業年度の所得」とあるのは、「開始の日前一年以内に開始したいずれかの事業年度の所得（沖縄の復帰に伴う特別措置に関する法律の施行の日前に終了した事業年度の所得のうち同法第七十六条第三項に規定する沖縄源泉所得に係るものを除く。）」とする。

4第三十七条及び第四十二条から第四十五条までの規定は、沖縄源泉所得を有する外国法人の当該沖縄源泉所得に係る所得に対する法人税について準用する。

5第四十条、第四十七条及び第四十八条の規定は、沖縄源泉所得を有する外国法人（本土源泉所得を有するものを除く。）の当該沖縄源泉所得に係る所得に対する法人税について準用する。

青色申告書を提出する沖縄法人で昭和四十六年十二月三十一日までに沖縄租税特別措置法第七条第一項の承認を受け、かつ、当該承認に係る事業を開始しているものの施行日から昭和四十八年六月三十日までの間に終了する各事業年度の所得に対する法人税については、同条の規定（これに基づく規則の規定を含む。）は、なお効力を有する。

2青色申告書を提出する沖縄法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税については、沖縄租税特別措置法第五条の二、第十一条の三（沖縄の中小漁業振興特別措置法に係る部分に限る。以下この条において同じ。）、第十三条、第十五条及び第十五条の四から第十七条までの規定（これらの規定に基づく規則の規定を含む。）は、なお効力を有する。この場合において、沖縄租税特別措置法第十一条の三中「五年」とあるのは、「七年」とする。

3租税特別措置法第四十五条の四又はこれに係る同法第五十二条の三第一項の規定は、前項の規定によりなお効力を有することとされる沖縄租税特別措置法第十一条の三の規定の適用を受ける事業年度の所得に対する法人税については、適用しない。

4青色申告書を提出する沖縄法人が、経過事業年度開始の日から施行日の前日までの間に取得し、又は製作してその事業の用に供した沖縄租税特別措置法第九条第一項又は第十一条第一項に規定する資産に係る当該経過事業年度の償却費の額の計算については、なお従前の例による。

沖縄法人（沖縄法人又は第九条第一項に規定する沖縄居住者がその営む事業の協業を図るため施行日以後に設立する法人で財務省令で定めるものを含む。次項において同じ。）で青色申告書を提出するものが、平成十四年五月十四日までに終了する各事業年度終了の日において沖縄振興開発特別措置法第二条第五項に規定する中小企業者に該当し、かつ、当該各事業年度において中小企業経営革新支援法の施行に伴う関係政令の整備に関する政令附則第二条の規定により沖縄振興開発特別措置法第十九条第一項の政令で定める業種とみなされたものに属する事業につき租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（昭和四十八年政令第九十四号）による改正前の租税特別措置法施行令第二十八条の六第一項各号のいずれか一に該当する事実がある場合には、当該事業年度終了の日において当該沖縄法人の有する昭和四十八年改正措置法による改正前の租税特別措置法第四十六条第一項に規定する減価償却資産に係る当該事業年度の償却限度額は、法人税法第三十一条第一項又は第二項（租税特別措置法第五十二条の二の規定の適用を受ける場合には、同条の規定を含む。）の規定にかかわらず、当該減価償却資産の普通償却限度額（法人税法第三十一条第一項に規定する償却限度額又は同条第二項に規定する償却限度額に相当する金額をいい、租税特別措置法第五十二条の二の規定の適用を受ける場合には、同条第一項又は第四項に規定する政令で定める金額とする。）と特別償却限度額（当該普通償却限度額に十分の二を乗じて計算した金額をいう。）との合計額（租税特別措置法第五十二条の二の規定の適用を受ける場合には、同条第一項に規定する特別償却不足額又は同条第四項に規定する合併等特別償却不足額に相当する金額を加算した金額）とする。

2沖縄法人で青色申告書を提出するものが、各事業年度終了の日において中小企業経営革新支援法附則第二条の規定による廃止前の中小企業近代化促進法（以下この条において「旧中小企業近代化促進法」という。）第二条に規定する中小企業者で、平成十四年五月十四日までに旧中小企業近代化促進法第四条第一項に規定する中小企業構造改善計画（同項に規定する生産又は経営の規模又は方式の適正化に関する事業について当該計画が定められているものに限る。）に係る同項又は同条第二項の承認を受けた同条第一項に規定する商工組合等（以下この項において「商工組合等」という。）の平成十一年旧措置法第四十六条第一項第一号に規定する構成員であるもの（同号イに規定する商工組合等の構成員であるものに限る。）に該当し、かつ、当該事業年度において旧中小企業近代化促進法第四条第一項に規定する特定業種に属する事業で当該中小企業構造改善計画に係るものにつき租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十一年政令第百二十号）による改正前の租税特別措置法施行令第二十九条第二項各号のいずれか一に該当する事実がある場合には、当該事業年度（当該承認のあつた日の属する事業年度からその事業年度開始の日以後五年を経過する日の属する事業年度までの各事業年度に限る。）終了の日において当該沖縄法人の有する平成十一年旧措置法第四十六条第一項に規定する減価償却資産（漁船を除く。）に係る当該事業年度の償却限度額は、平成十一年旧措置法第四十六条及び法人税法第三十一条第一項又は第二項の規定にかかわらず、当該減価償却資産の平成十一年旧措置法第四十六条第一項に規定する普通償却限度額と特別償却限度額（当該普通償却限度額に百分の五十五を乗じて計算した金額をいう。）との合計額（租税特別措置法第五十二条の二の規定の適用を受ける場合には、同条第一項に規定する特別償却不足額又は同条第四項に規定する合併等特別償却不足額に相当する金額を加算した金額）とする。

3租税特別措置法第四十三条第二項の規定は、前二項の規定を適用する場合について準用する。

沖縄法人（沖縄源泉所得を有する外国法人を含む。以下この章において同じ。）が、施行日以後最初に終了する事業年度開始の日において有する沖縄法人税法又は沖縄租税特別措置法（これらの立法に基づく規則を含む。以下この条において同じ。）の規定による異常危険準備金の金額、収用若しくは換地処分に係る引当金若しくは特別勘定の金額、特定資産の買換え若しくは交換に係る引当金若しくは特別勘定の金額又は現物出資に係る特別勘定の金額（既に沖縄法人税法又は沖縄租税特別措置法の規定により取りくずすべきこととなつたものを除く。）は、それぞれ租税特別措置法（これに基づく命令を含む。）の規定により当該沖縄法人の各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された異常危険準備金の金額、収用若しくは換地処分に係る引当金若しくは特別勘定の金額、特定の資産の買換え若しくは交換に係る引当金若しくは特別勘定の金額又は現物出資に係る特別勘定の金額とみなす。

2沖縄法人の施行日以後に終了する事業年度において、租税特別措置法第五十四条第一項に規定する基準年度の総収入金額のうちに同項に規定する海外取引（次項において「海外取引」という。）による収入金額がある場合における同条の規定の適用については、同条第一項中「昭和四十六年四月一日」とあるのは、「昭和四十七年四月一日」とする。

3前項の場合において、施行日前に沖縄において行なわれた次に掲げる取引による収入金額は、同項の基準年度の当該取引に係る海外取引による収入金額に含まれないものとする。

一租税特別措置法第五十四条第二項第一号から第七号までに掲げる取引で当該取引に係る物品が沖縄から本土に輸出されたもの

二租税特別措置法第五十四条第二項第八号に掲げる取引で当該取引に係る同項第一号に規定する対外支払手段による同項第八号の対価が沖縄若しくは本土に住所若しくは居所を有する個人又は沖縄法人若しくは本土法人によつて支払われたもの

4本土法人が、施行日前に取得した昭和四十八年改正措置法による改正前の租税特別措置法第五十五条第一項に規定する特定法人に該当する沖縄法人の同項に規定する特定株式等に係る海外投資損失準備金の金額（既に同条第五項若しくは第六項、昭和五十一年改正措置法による改正前の租税特別措置法第五十五条第四項、昭和五十三年改正措置法第一条の規定による改正前の租税特別措置法第五十五条第五項、昭和五十五年改正措置法による改正前の租税特別措置法第五十五条第五項又は租税特別措置法第五十五条第四項の規定により取り崩すべきこととなつたものを除く。）を有する場合における同項の規定の適用については、当該沖縄法人が施行日以後引き続き沖縄県の区域内に本店又は主たる事務所を有し、かつ、当該区域内において専らその事業を営むときは、当該沖縄法人は、同条第二項の規定にかかわらず、同条第一項に規定する特定法人とみなす。

昭和四十八年改正措置法による改正前の租税特別措置法第五十九条第一項及び第三項の規定は、沖縄法人である農業協同組合又は漁業協同組合のうち、施行日以後に終了する各事業年度の開始の日において農漁業協同組合整備法（千九百五十八年立法第七十七号）に基づく整備を行なつている出資組合である整備組合（沖縄の復帰に伴う農林水産省関係法令の適用の特別措置等に関する政令（昭和四十七年政令第百五十八号）第七条第一項（同令第七十五条において準用する場合を含む。）に規定する整備組合をいう。）に該当するものが、施行日以後最初に終了する事業年度から同立法第六条に規定する条件を満たした日の属する事業年度までの各事業年度において、その所得の全部又は一部を留保する場合について準用する。

2法人の前項の規定の適用を受ける事業年度については、租税特別措置法第六十一条の規定は、適用しない。

沖縄法人で、昭和四十七年一月一日から施行日の前日までの間にした資産の譲渡（以下この条において「復帰前の譲渡」という。）に係る法人税につき沖縄租税特別措置法第二十八条の五の規定の適用を受けたものが、施行日から同年十二月三十一日までの間にする資産の譲渡につき租税特別措置法第六十五条の二第一項、第二項若しくは第七項、第六十五条の三第一項又は第六十五条の四第一項の規定の適用を受け、これらの規定により損金の額に算入した、又は損金の額に算入する金額の合計額が千二百万円から当該復帰前の譲渡につき沖縄租税特別措置法第二十八条の五の規定により損金の額に算入した金額を控除した金額をこえるときは、これらの規定にかかわらず、そのこえる部分の金額は、各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない。

2沖縄法人が、施行日から昭和四十八年十二月三十一日までの間に、沖縄県の区域内にある資産について沖縄租税特別措置法第二十九条から第三十一条までの規定に該当する譲渡（租税特別措置法第六十五条の六第十項第一号イ及びロに掲げる譲渡を除く。）をした場合において、当該譲渡の日の属する事業年度において当該譲渡をした資産のいずれについても同法第六十五条の六から第六十五条の八までの規定の適用を受けないときは、当該資産の譲渡に係る法人税については、沖縄租税特別措置法第二十九条から第三十一条までの規定（これらの規定に基づく規則の規定を含む。）をなお効力を有するものとして適用する。

3前項の規定の適用を受けようとする場合には、租税特別措置法第二条第二項第十一号に規定する確定申告書等にその旨を記載しなければならない。

租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和五十七年法律第八号）附則第十八条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法第六十六条の三の規定は、沖縄法人（清算中の沖縄法人を除く。以下この条において同じ。）で青色申告書を提出するもののうち次の各号に掲げるものが、当該各号に規定する承認を受けて、当該承認の日から一年以内に当該承認に係る固定資産の出資により株式（出資を含む。）を取得する場合について準用する。

一中小企業近代化促進法第三条第一項に規定する指定業種に属する事業を営む沖縄法人のうち、同法第二条に規定する中小企業者に該当するもので施行日以後二十五年を経過する日までに同法第八条第一項又は第四項の規定による承認を受けたもの

二中小企業近代化促進法第四条第一項に規定する特定業種に属する事業を営む沖縄法人で、施行日以後二十五年を経過する日までに同項の中小企業構造改善計画（同項に規定する生産又は経営の規模又は方式の適正化に関する事業について当該計画が定められているものに限る。）に係る同項又は同条第二項の承認を受けた同条第一項に規定する商工組合等（以下この号において「商工組合等」という。）の構成員（当該商工組合等が二以上の商工組合等を会員とする法人である場合には、当該法人を直接又は間接に構成する会員の構成員）であるもののうち、同法第二条に規定する中小企業者に該当するもので当該承認のあつた日から五年以内（施行日から平成九年五月十四日までの間に限る。）に同法第八条第二項、第三項又はこれらの規定及び同条第四項の規定による承認を受けたもの（前号に掲げる法人に該当するものを除く。）

沖縄法人である漁業協同組合連合会で水産業協同組合法（昭和二十三年法律第二百四十二号）第八十七条第一項第一号又は第二号の事業を行なうものが、施行日から昭和四十九年三月三十一日までの間に、国から沿岸漁業等（沿岸漁業等振興法（昭和三十八年法律第百六十五号）第二条第二項に規定する沿岸漁業等をいう。）を営む者又はこれらの者の組織する団体に対して行なう資金の貸付け（能率的な漁業技術の導入に必要な資金、合理的な生活方式の導入に必要な資金その他当該沿岸漁業等の振興に必要な資金の貸付けに限る。）に必要な資金の財源に充てるための補助金の交付を受けた場合において、その交付を受けた事業年度において、当該補助金の金額以下の金額を特別勘定として経理したときは、その経理した金額に相当する金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。

2前項の規定の適用を受けた沖縄法人が、次の各号に掲げる場合に該当することとなつた場合には、当該各号に掲げる金額は、その該当することとなつた日の属する事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。

一前項の補助金に係る貸付金について貸倒れが生じた場合1当該貸倒れによる損失の額（当該損失の額が同項の特別勘定として経理をした金額（既に益金の額に算入された、又は益金の額に算入されるべき金額がある場合には、これらの金額を控除した金額。以下この項において「特別勘定残額」という。）をこえる場合には、当該特別勘定残額）2

二解散した場合1当該解散の日における特別勘定残額2

三特別勘定残額を前二号の場合以外の場合に取りくずした場合1当該取りくずした金額2

沖縄県の区域内における位置境界不明地域内の各筆の土地の位置境界の明確化等に関する特別措置法（以下この項において「明確化法」という。）第二条第一項に規定する位置境界不明地域内の各筆の土地で明確化法第十二条第四項の書面によりその位置境界が明らかとなつたもの又は当該明らかとなつた土地の上に存する権利若しくは建物（その附属設備を含む。）若しくは構築物（以下この条において「位置境界明確化資産」という。）を有する法人（清算中の法人を除く。次条第一項において同じ。）が、当該書面により当該土地の位置境界が明らかとなつた日から当該土地につき明確化法第十四条の規定により作成された地図及び簿冊について国土調査法第十九条第五項の規定による指定があつた日の属する年の翌年の十二月三十一日までの間に、明確化法第二十条に規定する買取りの申出又は明確化法第二十一条に規定するあつせんにより当該位置境界明確化資産（法人税法第二条第二十号に規定する棚卸資産を除く。）の譲渡（法人税法施行令第百三十八条第一項の規定に該当する行為を含むものとし、法人税法第五十条の規定又は租税特別措置法第六十四条から第六十五条の五まで、第六十五条の七から第六十五条の九までの規定の適用を受けるものを除く。以下この条において同じ。）をしたときは、当該譲渡は、同法第六十五条の二第一項に規定する収用換地等による譲渡に該当するものとみなして、同条の規定（同条第二項から第八項までの規定を除く。）を適用する。

2前項の規定は、確定申告書等（租税特別措置法第二条第二項第二十八号に規定する確定申告書等をいう。次条において同じ。）に、前項の規定の適用を受けようとする旨の記載があり、かつ、当該譲渡をした資産が位置境界明確化資産に該当する旨その他の事項を証する財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。

沖縄県における駐留軍用地跡地の有効かつ適切な利用の推進に関する特別措置法第十六条第一項（同法第十八条の三第一項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）の土地（同法第十八条の三第三項の規定により同条第一項において準用する同法第十四条第一項の規定によりされたものとみなされた届出又は同法第十八条の三第四項の規定により同条第一項において準用する同法第十五条第一項の規定によりされたものとみなされた申出に係る土地を含む。以下この項において「特定駐留軍用地等」という。）を有する法人が、当該特定駐留軍用地等についての同法第十六条第一項の買取りの協議（以下この項及び次項において「買取協議」という。）に基づき、当該買取協議を行う同条第二項（同法第十八条の三第一項において準用する場合を含む。）に規定する地方公共団体等に当該特定駐留軍用地等の譲渡（租税特別措置法第六十五条の五の二、第六十五条の七又は第六十五条の八の規定の適用を受けるものを除く。）をしたときは、当該譲渡は、租税特別措置法第六十五条の二第一項に規定する収用換地等による譲渡に該当するものとみなして、同条の規定（同条第二項から第八項までの規定を除く。）を適用する。

2前項の規定は、確定申告書等に同項の規定によりみなして適用される租税特別措置法第六十五条の二第一項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載及びその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書の添付があり、かつ、当該譲渡が買取協議に基づき行われたものである旨その他の事項を証する財務省令で定める書類を保存している場合に限り、適用する。

3税務署長は、前項の記載若しくは添付がない確定申告書等の提出があつた場合又は同項の財務省令で定める書類の保存がない場合においても、その記載若しくは添付又は保存がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類及び同項の明細書並びに当該財務省令で定める書類の提出があつた場合に限り、第一項の規定を適用することができる。