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本準則依所得稅法第八十條第五項規定訂定之。
- 營利事業所得稅之調查、審核，應依稅捐稽徵法、所得稅法、所得基本稅額條例及本準則之規定辦理，其未經規定者，依有關法令規定辦理。
- 營利事業之會計事項，應參照商業會計法、商業會計處理準則、企業會計準則公報、金融監督管理委員會認可之國際財務報導準則、國際會計準則、解釋及解釋公告（以下簡稱國際財務報導準則）等據實記載，產生其財務報表。至辦理所得稅結算申報時，其帳載事項與所得稅法、所得稅法施行細則、產業創新條例、中小企業發展條例、營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則、適用所得稅協定查核準則、營利事業適用所得稅法第二十四條之四計算營利事業所得額實施辦法、營利事業對關係人負債之利息支出不得列為費用或損失查核辦法、房地合一課徵所得稅申報作業要點、本準則及有關法令規定未符者，應於申報書內自行調整之。
- 營利事業申報之所得額達各該業所得額標準，經稽徵機關發現申報異常或涉有匿報、短報或漏報所得額者，或經會計師查核簽證申報之案件，稽徵機關應依本準則及營利事業所得稅結算申報書面審核案件抽查要點規定辦理。
營利事業未依稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法之規定設置帳簿並記載者，除依稅捐稽徵法第四十五條之規定辦理外，並通知限期補正；屆期未辦理者，應依所得稅法第八十三條之規定，核定其所得額。
（刪除）
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- 營利事業之帳簿文據，其關係所得額之一部未能提示，經稽徵機關依所得稅法施行細則第八十一條之規定，就該部分按同業利潤標準核定其所得額者，其核定之所得額，以不超過當年度全部營業收入淨額依同業利潤標準核定之所得額為限。但營利事業有漏報營業收入情事，經稽徵機關就該漏報部分按同業利潤標準核定其所得額者，不在此限。
- 營利事業未提示有關各種證明所得額之帳簿文據，經就營業收入淨額按同業利潤標準核定其所得額者，如有非營業收益或損失，應依法合併計課或核實減除。
- 營利事業如在規定送交調查時間以內申請延期提示帳簿文據者，稽徵機關應予受理。但延長之期限最長不得超過一個月，並以一次為限。
- 營利事業之帳簿文據如因有關機關因公調閱而未能提示者，稽徵機關得先予書面審核核定。但營利事業應於調閱機關發還所調閱之帳簿文據後一個月內，送請稽徵機關查核。
帳簿有塗改內容或有缺漏頁數，經查明無不法情事，且會計記錄銜接，憑證相符者，仍應查帳核定。
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帳冊之記載與憑證不符，致生短報所得額之情事者，除本準則另有規定外，依所得稅法第一百十條規定辦理。
- 營利事業當年度使用之帳簿因故滅失者，得報經該管稽徵機關核准另行設置新帳，依據原始憑證重行記載，依法查帳核定。
- 營利事業當年度關係所得額之全部或一部之原始憑證，因遭受不可抗力災害或有關機關因公調閱，以致滅失者，該滅失憑證所屬期間之所得額，稽徵機關得依該事業前三個年度經稽徵機關核定純益率之平均數核定之。營利事業開業或由小規模營利事業改為使用統一發票商號未滿三個年度，致無前三個年度經稽徵機關核定純益率之平均數者，其無核定純益率資料之年度（含未滿一年無全年度核定資料之年度），以各該年度查帳核定當地同業之平均純益率計算之。又災害損失部分，如經查明屬實，得依第一百零二條之規定予以核實減除。
- 稽徵機關依前項規定使用之前三個年度資料中，如有營利事業申報之純益率尚未經稽徵機關核定之情事，得以申報數為準；俟稽徵機關核定時，按核定數調整之。
- 營利事業之帳簿憑證，在辦理結算申報後未經稽徵機關調查核定前，因遭受不可抗力災害或有關機關因公調閱，以致滅失者，除其申報純益率已達該事業前三個年度經稽徵機關核定純益率之平均數者，從其申報所得額核定外，申報純益率未達前三個年度核定純益率之平均數者，應按前二項規定辦理。
- 營利事業遭受不可抗力災害以致帳簿憑證滅失者，應依第一百零二條第二款規定，併同災害損失報請稽徵機關派員勘查屬實或提出確實證據證明屬實。
- 營利事業之帳簿憑證滅失者，除合於前五項規定情形者外，稽徵機關應依所得稅法第八十三條及同法施行細則第八十一條規定，就查得資料或同業利潤標準，核定其所得額。
對外會計事項，應取得外來憑證或給與他人憑證；其應取得外來憑證者，除第六十八條、第七十四條第三款第二目之3、之4及之6、第七十八條第二款第六目、第八目及第九目、第七十九條第二款第一目、第八十條第四款第二目及第三目、第八十八條第三款第二目規定，得以內部憑證認定者外，不得以內部憑證代替；其以內部憑證代替者，應不予認定。
原始憑證未依規定保存者，除本準則另有規定外，應依稅捐稽徵法第四十四條規定處罰。但取得買受人簽章證明與其所持有之憑證相符之影本，或經原出具憑證之營利事業簽章證明與其自留之存根聯相符之影本，或保留自行蓋章證明之扣抵聯影本以及統一發票經核定添印副聯，其副聯已送稽徵機關備查，其經取具該稽徵機關之證明者，免予處罰，並准予認定。
營利事業申報營業收入與開立統一發票金額不一致，應於營利事業所得稅結算申報書內營業收入調節欄項下調整說明；其經查明無漏報或短報情事者，應予核實認定。
- 營利事業依加值型及非加值型營業稅法第三條第三項之規定，視為銷售貨物之銷售額，依下列規定辦理： 一、以產製、進口、購買供銷售之貨物，轉供自用，或以上項貨物無償移轉他人所有，並按時價作為銷售額者，仍按其產製、進口或購買之實際成本為準，轉列資產或費用，免按時價列帳；辦理當期所得稅結算申報時，應將該項開立統一發票之銷售額於營利事業所得稅結算申報書內營業收入調節欄項下予以減除。 二、解散或廢止營業時所餘存之貨物，或於解散、廢止時將貨物抵償債務、分配與股東或出資人按時價作為銷售額者，該項貨物之估價，於辦理清算所得申報時，仍應依所得稅法第六十五條規定，以時價或實際成交價格為準。 三、以自己名義代為購買貨物交付與委託人，按代購貨物之實際價格作為銷售額者，於辦理當期所得稅結算申報時，除代購之佣金收入仍應列報外，該項銷售額應於營利事業所得稅結算申報書內營業收入調節欄項下予以減除。 四、委託他人代銷貨物，於送貨時已先按送貨之數量及約定代銷之價格作為其銷售額者，於年度終了時，其尚未經代銷之貨物價額，應於辦理所得稅結算申報時，將該項銷售額於營利事業所得稅結算申報書內營業收入調節欄項下予以減除。 五、受他人委託代銷貨物，按約定代銷之價格作為其銷售額時，於辦理當期所得稅結算申報時，除代銷之佣金收入仍應列報外，該項銷售額應於營利事業所得稅結算申報書內營業收入調節欄項下予以減除。
- 前項規定於勞務準用之。
營利事業外銷貨物或勞務，其銷貨收入之歸屬年度，依下列規定辦理： 一、外銷貨物應列為外銷貨物報關日所屬會計年度之銷貨收入處理。但以郵政及快遞事業之郵政快捷郵件或陸空聯運包裹寄送貨物外銷者，應列為郵政及快遞事業掣發執據蓋用戳記日所屬會計年度之銷貨收入處理。 二、銷售與外銷有關之勞務或在國內提供而在國外使用之勞務，應列為勞務提供完成日所屬會計年度之銷貨收入處理。
營利事業銷售貨物或勞務，如有隨銷售附贈禮券、獎勵積點或保固服務等，該附贈部分相對應之收入應於銷售時認列，不得遞延。
- 營利事業分期付款之銷貨，其當期損益得依下列方法擇一計算： 一、全部毛利法：依出售年度內全部銷貨金額，減除銷貨成本（包括分期付款貨品之全部成本）後，計算之。 二、毛利百分比法：依出售年度約載分期付款之銷貨價格及成本，計算分期付款銷貨毛利率，以後各期收取之分期價款，並按此項比率計算其利益及應攤計之成本。其分期付款銷貨利益並得按下列公式計算： 分期付款銷貨未實現毛利年初餘額＋ 本年度分期付款銷貨毛利 分期付款銷貨本年度收款總額ｘ────────────────分期付款銷貨應收帳款年初餘款＋本年度分期付款銷貨總額 三、普通銷貨法：除依現銷價格及成本，核計其當年度損益外，其約載分期付款售價高於現銷價格部分，為未實現之利息收入，嗣後分期按利息法認列利息收入。
- 前項各種計算損益方法既經採用，在本期內不得變更。相同種類產品同期分期付款銷貨損益均應採用同一計算方式。不同種類產品，得依規定分別採用不同之計算方法，但全期均應就其擇定之同一方法計算其分期付款銷貨之損益，不得中途變更。
- 前項分期付款銷貨在本期收回之帳款利益，應按前期銷貨時原採公式計算，不得變更其計算方法。
凡顯屬收入項目列入非收入科目，或非收入科目中有應轉列收入項目而未轉列，因而短報所得者，均依所得稅法第一百十條規定辦理。
國外營利事業因委託國內公司行號代辦進貨、銷貨或其他有關營業事項，所撥匯之費用，國內受託公司行號，得就扣除代墊成本費用後之餘額，列為當年度收益處理。
- 營利事業受託代收轉付款項，於收取轉付之間無差額，其轉付款項取得之憑證買受人載明為委託人者，得以該憑證交付委託人，免另開立統一發票，並免列入銷售額。
- 前項未取得原始憑證（或影本），或已取得而未依規定保存者，除能證明代收轉付屬實，准予認定外，其所收款項應列為營業收入處理，並依同業利潤標準核計其所得額。
- 銷貨退回已在帳簿記錄沖轉並依統一發票使用辦法第二十條規定取得憑證，或有其他確實證據證明銷貨退回事實者，應予認定。未能取得有關憑證或證據者，銷貨退回不予認定，其按銷貨認定之收入，並依同業利潤標準核計其所得額。
- 外銷貨物之退回，其能提示海關之退貨資料等有關證明文件者，查明後應予核實認定。
- 銷貨折讓已於開立統一發票上註明者，准予認定；統一發票開交買受人後始發生之折讓應依統一發票使用辦法第二十條規定辦理；營利事業依經銷契約所取得或支付之獎勵金者，應按進貨或銷貨折讓處理。
- 外銷貨物或勞務之折讓，其能提示國外廠商出具註明折讓原因、折讓金額及折讓方式（如減收外匯或抵減其他貨款等）之證明文件，經查明屬實者，應予認定。