根據產業創新條例第64條，工業專用港或工業專用碼頭的規劃、建設、管理、經營及安全，除該條例另有規定外，還適用商港法第五條、第十條、第十六條至第二十一條、第二十三條至第二十六條、第二十九條、第三十條第三項、第三十一條至第三十三條、第三十七條至第四十八條及第五十條的規定。另外，中央主管機關應經過與交通部的會商後，方可將工業專用港或工業專用碼頭的管理委託給商港管理機關辦理。 根據商港法第五條，商港的規劃、建設、經營及管理應按照該法的規定辦理。根據商港法第十條，商港區域內的建築物及設施的興建、增建、改建或拆除，除了與船舶出入港和公共安全有關的專業區、加工出口區、自由貿易區以及商港管理有關的設施需要商港管理機關的同意外，其他設施的興建等可根據需要由公私事業機構以約定方式進行，但產權的歸屬應屬於商港管理機關。 根據商港法第十六條至第二十一條，商港的設施管理、營運、船舶進出港口安全等方面有一系列的規定。根據商港法第二十三條至第二十六條，商港區域內船舶的停泊、進出港等方面有一系列的規定。根據商港法第二十九條，違反該法的處罰等方面也有相應的規定。根據商港法第三十條第三項，商港管理機關應該依法辦理商港工程的竣工驗收。根據商港法第三十一條至第三十三條，商港管理機關可以要求商港內船舶的登記、登載或其他相關的手續。根據商港法第三十七條至第四十八條，商港管理機關可以對商港內的船舶進行港灣檢查等。根據商港法第五十條，商港管理機關可以依法進行商港的營業項目管理。 以上資料主要參考了商港法（2012修正）的相關條文內容。
工業專用港或工業專用碼頭之規劃建設、管理、經營及安全，除本條例規定者外，準用商港法第五條、第十條、第十六條至第二十一條、第二十三條至第二十六條、第二十九條、第三十條第三項、第三十一條至第三十三條、第三十七條至第四十八條及第五十條規定。 中央主管機關應於會商交通部後，始得將工業專用港或工業專用碼頭之管理，委託商港管理機關辦理。
立法理由一、參酌促進產業升級條例第四十八條規定，第一項明定工業專用港或工業專用碼頭之規劃建設、管理、經營及安全，除本條例規定者外，準用商港法相關規定，俾利推動業務。 二、第二項明定中央主管機關得將工業專用港或工業專用碼頭之管理，於會商交通部後，始得委託商港管理機關辦理。
一、參酌促進產業升級條例第四十八條規定，第一項明定工業專用港或工業專用碼頭之規劃建設、管理、經營及安全，除本條例規定者外，準用商港法相關規定，俾利推動業務。 二、第二項明定中央主管機關得將工業專用港或工業專用碼頭之管理，於會商交通部後，始得委託商港管理機關辦理。
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