船舶所有人或船長違反第三十七條第一款規定排洩有毒液體、有毒物質、有害物質者，由航港局或指定機關處新臺幣一百萬元以上五百萬元以下罰鍰，並令其限期改善，屆期未完成改善者，按次處罰。
商港法 第七章 罰則
§ 61–73共 17 條
違反第三十七條第四款規定，由航港局或指定機關處新臺幣十萬元以上一百萬元以下罰鍰，並令其限期改善，屆期未完成改善者，按次處罰。
有下列情形之一者，由航港局或指定機關處行為人新臺幣十萬元以上五十萬元以下罰鍰，並得按其情節責令拆除、勒令停工、停止營業、強制離船或離港；再違反者，並得沒入其打撈器材、放置之船具、物料：
一、違反第十三條第一項或第五十四條第一項規定。
二、違反第三十五條規定。
三、違反第三十六條第一項規定。
四、違反第四十條規定。
五、違反第四十五條第二項或第四十六條第二項規定。
六、違反第四十九條規定。
遙控無人機之所有人或操作人有下列情形之一者，禁止其飛航活動，由航港局或指定機關處新臺幣三十萬元以上一百五十萬元以下罰鍰；情節重大者，並得沒入遙控無人機：
一、違反第三十六條之一第一項規定，未經許可於商港區域特定範圍內從事遙控無人機飛航活動。
二、違反第三十六條之一第三項所定辦法中有關從事遙控無人機飛航活動之條件或管理事項之規定。
- 以竊取、毀壞或其他非法方法危害商港設施或設備之功能正常運作者，處一年以上七年以下有期徒刑，得併科新臺幣一千萬元以下罰金。
- 意圖危害國家安全或社會安定，而犯前項之罪者，處三年以上十年以下有期徒刑，得併科新臺幣五千萬元以下罰金。
- 前二項情形致釀成災害者，加重其刑至二分之一；因而致人於死者，處無期徒刑或七年以上有期徒刑，得併科新臺幣一億元以下罰金；致重傷者，處五年以上十二年以下有期徒刑，得併科新臺幣八千萬元以下罰金。
- 第一項及第二項之未遂犯罰之。
- 對商港設施或設備之核心資通系統，以下列方法之一，危害其功能正常運作者，處一年以上七年以下有期徒刑，得併科新臺幣一千萬元以下罰金： 一、無故輸入其帳號密碼、破解使用電腦之保護措施或利用電腦系統之漏洞，而入侵其電腦或相關設備。 二、無故以電腦程式或其他電磁方式干擾其電腦或相關設備。 三、無故取得、刪除或變更其電腦或相關設備之電磁紀錄。
- 製作專供犯前項之罪之電腦程式，而供自己或他人犯前項之罪者，亦同。
- 意圖危害國家安全或社會安定，而犯前二項之罪者，處三年以上十年以下有期徒刑，得併科新臺幣五千萬元以下罰金。
- 前三項情形致釀成災害者，加重其刑至二分之一；因而致人於死者，處無期徒刑或七年以上有期徒刑，得併科新臺幣一億元以下罰金；致重傷者，處五年以上十二年以下有期徒刑，得併科新臺幣八千萬元以下罰金。
- 第一項至第三項之未遂犯罰之。
違反第三十七條第三款棄置廢棄物規定者，由航港局或指定機關處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並令其限期改善，屆期未完成改善者，按次處罰。
於第三十六條第二項公告區域外垂釣者，由航港局或指定機關處新臺幣六百元以上三千元以下罰鍰，並得沒入其釣具。
- 未依第十二條規定繳納商港服務費或應償還損壞商港區域內各項設施修復費，經限期繳納，屆期不繳納者，得勒令停止作業或禁止船舶入、出港。但經提供相當擔保者，不在此限。
- 商港區域內各項設施損害事故之證物保全，依運輸事故調查法相關規定辦理。
未依第四十二條第二項規定完成港口設施保全評估及港口設施保全計畫之港口設施公民營事業機構，經航港局或指定機關通知限期改善，屆期未完成改善者，得勒令停止作業。
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